Al termine della scuola elementare, le allieve e gli allievi entrano nella scuola media (istruzione secondaria I) la quale dura quattro anni. Nel primo biennio della scuola media è previsto un insegnamento comune mentre nel secondo biennio è previsto un insegnamento differenziato (ciclo di orientamento), con corsi base o corsi attitudinali in determinate materie e secondo le capacità delle studentesse e degli studenti. Con il conseguimento della licenza di scuola media termina l'obbligo scolastico.
Una volta terminata la scuola dell’obbligo, inizia il livello secondario II il quale prevede un percorso di formazione generale, presso scuole di maturità liceale e scuole specializzate, oppure un percorso di formazione professionale di base.
A Mendrisio, è possibile proseguire il percorso scolastico presso le scuole medie e superiori della Città.